A fekete gólya Magyarországon csakúgy, mint Közép-Európában mindenütt, veszélyeztetett faj. Hazánkban a fokozottan védett fajok kategóriájába tartozik, eszmei értéke 250 000 Ft. Védelme a mai napig megfelelő összehangolt országos program hiányában egyedi esetekre korlátozódott. A madárvédők világszervezete (a BirdLife International) szerint az úgynevezett SPEC 3 kategóriába tartozik, míg máshol a ritka fajok között tartja számon.

Augusztusban, szeptemberben tarlókon, mezőgazdasági területeken is megfigyelhetők pihenő, táplálkozó csapatok. Sok fekete gólya-pár a korábbi irodalmi adatokkal szemben csak néhány évig használja fészkét, vagy évről évre újat épít.
Az európai állomány súlypontja az észak- és közép-keleti országokra tehető. Ezek közül jelentősebbek állománynagyság illetve elterjedési sűrűség szerint: Oroszország, Lettország, Belorusszia és Lengyelország. Az 1990-es évek közepén az Európában fészkelő fekete gólya-párok száma 10-15 ezer volt, Ázsiában 3-4 ezer pár fészkelt. A Dél-Afrikában élő állomány nagyságát ezer párra becsülték. A fekete gólya elterjedési területén 105 országban fordul elő, 44 országban fészkel, 32-ben védett. A múlt század második felében eltűnt Svédországból, dániai állománya 150 párról egy párra apadt. Az utóbbi húsz évben létszáma Európa több országában növekedett. A 80-as évek elejétől visszatért Dániába, 1995-ben már legalább 8 pár költött; Olaszországban pedig, ahol 1994-ig nem volt bizonyított fészkelése, 1995-ben már 3 pár költését ismerték. A legfrissebb adatok szerint Iránban is fészkel 1994 óta.
A fekete gólya legkedveltebb élőhelyei a kisebb vízfolyásokkal, patakokkal átszőtt, csendes holtágakkal, láprétekkel tarkított erdős területek, melyekből nem hiányoznak az idős fák, az egykori legelőerdőkből visszamaradt, fiatal fák sűrűjében megbújó öreg kocsányos tölgyek. A Duna árterében a tölgy-kőris-fehérnyár erdőket szereti legjobban. Dél-Dunántúlon keményfás ligeterdőkben fordul elő, míg a Tisza mentén a fűz-nyár ligeterdőt választja. Középhegységeinkben bükk- és fenyőerdőkben fészkel. Mindig szüksége van beszálló folyosóra, ezért nagyon sűrű erdőben nem szeret fészkelni: gyakori, hogy fészke utak vagy nyiladékok közvetlen közelében található.
. Április közepéig rakja le tojásait. A kotlás gyakran már az első tojás lerakása után megkezdődik, és 30-40 napig tart. A fiókák körülbelül három hónapig maradnak a fészekben. Évente egyszer költ. Amíg a fiókák kicsik, az egyik öreg madár mindig a fészekben tartózkodik. Tollasodástól a táplálék gyűjtésében mindkét szülő részt vesz. A fiatalok néha már július második felében elhagyják a fészket, de nem ritka, hogy augusztus közepéig a fészekben tartózkodnak. Leggyakrabban három fiatal repül ki egy-egy fészekből. Fészkét általában alacsonyabbra építi, mint a ragadozó madarak: a lombkorona alsó felébe. A fészek általában lapos, nagy és kerek.